六月初八，潞王就任监国，马士英仍为内阁首辅，张秉贞为兵部尚书，但这个小朝廷刚开张就不和谐，朱大典、方国安以兵少缺饷为由拒不分守险要，郑鸿逵以不习陆战为由坚持不下船，清流领袖黄道周从南京窜到杭州，又向潞王大吹民心可用，若重用贤臣、罢黜奸佞，则朝堂人心振奋、忠义之士云集，可“上清钟山之尘，次复燕京之业”。
黄老头在含沙射影啊，火烧眉毛了，还扯些没影的事，马士英干脆把潞王召黄道周入阁的谕旨缴回——朝廷当务之急是与清廷和议，哪怕割地求和也要争取喘息时间，这是潞王和重臣的一致看法，黄老头入阁只能添乱。
朝廷派出的特使是陈洪范，这家伙去年从北京回来后，频繁拜会四镇军头，大肆散布失败言论，被很多人怀疑是清国放回来的奸细，但南京内阁一直拒绝深查——担当实务的人都很现实，此人是联系清国的一条线，是不是奸细并不重要，这条线现在果然用上了，可惜，潞王没有本钱和议，清军灭明大计既定，征讨大军十一日便抵达离杭州不远的西塘，陈洪范只能为自己打算了。
清军大兵压境，杭州朝臣想不出应敌之策，又把矛头指向马士英，谴责其卖国、专权、贪渎、妒贤。老马受够了气，干脆把内阁印信一交拔腿走人，不过，想甩摊子不干也难啊，浙江总兵方国安就不同意，追到郑鸿逵船上硬把老马拖到浙军营地，尽管老马一再说自己辞职了，但人家就认他这个首辅，拿不出军饷别想走人。
马士英被绑票，朝堂也不吵了，其实大家心里明白，马士英能力算比较强的，名声不好主要还是替朝廷背黑锅，换其他人做首辅未必干的比他好，而且一样要挨骂，内阁的印信始终没人敢接。这时，陈洪范跑回来报告，清军拒绝和议只接受投降，兵部尚书张秉贞也奏告官军兵力单薄、粮饷不足，实在无法一战，杭州绝不可再遭扬州之祸，为今之计或跑或降——潞王苦笑不已，打又打不了，跑又往何处去？
潞王下谕投降，朝臣们又分道扬镳，张秉贞等原浙江官员要翼护地方百姓决定随潞王投降，黄道周等人誓死抵抗又继续南逃，朱大典、方国安兵不过两万，本来就不敢一战，趁机打起抗清到底的旗号开溜。
六月十四日，清军不战而取杭州，博洛迅速派人招抚浙江各州府，杭州、湖州、嘉兴、严州四府纳土归降，其他州府也纷纷致书献媚，浙江收入彀中似乎只是时间问题。然而天下大势瞬间大变，浙江备倭总兵王之仁与浙东在籍官员张国维、钱肃乐等人在绍兴拥戴鲁王为监国，福建总兵郑芝龙、福建巡抚张肯堂、难逃官员黄道周等人在建宁拥戴唐王为监国，两股势力打起大明旗号继续反清；而武昌的反应更为迅速，杭州陷落仅十天，便派兵进入南直隶的徽州府以及浙江的处州、衢州两府，随即在当地废黜明律、推行新政，似乎不打算走了——博洛与新任浙江总督张存仁面对乱局一筹莫展，只好向南京求助。
南京的多铎也在苦恼，江南好不容易安定，老十四就来添乱，下谕“各处文武军民，尽行剃发，傥有不从，军法从事”，这下麻烦了，一场血雨腥风即将到来。
老十四糊涂但我不能糊涂，这种缺德事让汉臣去干吧，我们满人躲远点——多铎满腹牢骚下令各地官府遵诏办理，浙江的乱局暂时还顾不上。