朱元璋并非不想用北京做都城，因为北京做都城最具战略价值，然而当时大明军队刚刚从伪元手里收复大都，城池和周边州县还欠繁华和富裕，且胡化了四百余年，与淮河和长江流域的文化有隔膜。
当时的北京一带，对主要生在江淮、浙西的大明开国功勋集团来说，是定都在一个完全陌生的地区，心里总是不踏实的。
崇祯皇帝在密辛中得知，朱元璋还曾派太子朱标巡查长安、洛阳和开封，想选择汉、唐、宋的故都为首都。
然而这个念想再度落空，经过一次次战乱，关中之地已经残破，丧失了作为一个大帝国都城的条件，洛阳亦是如此。
开封处在无险可守的大平原上，最易受敌，战略位置更不适宜。
建文帝即位后，因削藩引发“靖难之役”，朱棣攻破南京，建文帝下落不明，同年，朱棣即皇帝位，第二年，改元永乐，改北平为北京，十九年后，迁都北京。
南北两京的争端和建立，均从此开始。
迁都北京是朱棣方方面面的考量，一北京是他以往的封藩地，起兵“靖难”之前，已在此经营二十多年，建立了属于自己的一套政治、军事、经济体系。
等他当皇帝后，北京及周边地区已不在是“生地”而是“熟地”，迁都于此乃是瓜熟蒂落之事，况且南京一带布满了不服从他的建文旧臣，北京则相对稳定得多。
历史上，鞑清和蒙元一样，都是北方的游牧民族征服了南面文化更发达、人口更多的汉人而入主中原，尽管历史上鞑清入关有了更多的戏剧性。
对中华的士民来说，他们是血腥的征服者，都是外来政权，而对鞑清和蒙古人来说，和他们无非是把整个中国看做自己的战利品。
无论对关陇、幽燕、齐鲁、河洛，还是江南、巴蜀、岭南，他们并没有崇祯皇帝眼下或历史上朱元璋和朱棣所想的这样充分。
实际上，鞑清将这些地方一视同仁，在他们眼中，这些不过是他们新占的地盘，根本无非轻重，他们重视的不过是自己发家的关外或漠北，那里才是他们的“老营盘”，是留后路的地方。
大明则不一样，它是赵宋灭亡后近一百年，一个将“鞑虏”驱逐出去光复中华的汉族政权，这也是历史上很少见的北伐而非南下统一中国的政权。
皇明祖训上不止一次的写着类似这样意味的话，江南才是根本重地，是大明王朝的发祥地。
而且，当大明的大军在徐达、常遇春率领下攻占元大都，收复幽燕之地时，这块土地从后晋石敬瑭割燕云十六州开始，经辽、金、元，已被异族统治了足有四百余年。
可以说，这是一块高度“胡化”的土地。
大明时至今日的南北“两京制”，正是在这样历史背景下产生的。
留都南京，皇帝平日不在此城，但却保留了一整套的中央政府官僚体系，可谓是“朝廷的备份”，六部、都察院、五府和内廷的太监体系，一应俱全，缺的只是高高在上的皇帝。
南京朝廷的官员级别和北京同职官员也相同，南京周边十四个府、州的相应事务，有些事务甚至连京师六部都不得干涉。
南直隶所辖的地区，乃经济最发达、文化最昌明之区，天下赋税六至八成多出自于此，若此次空手而归，或是不能将南京彻底控制在自己手里。
日后必然还会生乱，崇祯皇帝可不想在战事进行得如火如荼之时，后院起火。