周琅现在一共有六艘欧式武装商船，还有三十艘老闸船，虽说舰队规模相比这个时代的海盗来说略显寒碜，朱濆这样的打海盗，动辄上百艘船，但周琅舰队的火力别说这些海盗，就是满清水师都比不上，每艘船平均二十门火炮，总计七百多门舰炮，完全可以碾压满清任何一座炮台了。
为了不错失福建水师主力出击澎湖这难得的战机，周琅派出了所有军舰，力求毕其功于一役，他也确信如此强大的火力，足以占领金门，甚至厦门。
舰队司令是哈拉尔，周琅大胆任命了这个瑞典人为司令，主要还是看重对方的经验，也只有他才有大舰队作战的经验，而其他船长都不具备这个经验，甚至几乎所有的船长，都没有绘制欧洲海图的能力，完全是凭借经验和中国传统的航海学在航海。
由于舰队规模膨胀过快，造成大量船长都是赶鸭子上架，经验最丰富的，反而是那三个海盗头子。其他的船长，则是出自谢清高的船上。谢清高的幸运号已经往返过印度，南洋一带，第二次出行的时候，周琅就招募了大量的读书人跟随谢清高学习航海。
谢清高拥有丰富的航海经验，但其实他的航海学知识，也是这两年学习的。他在印度的时候，雇佣了一个贫穷的苏格兰绘图师学徒，然后结合对方的制图能力和自己的航海经验，就开始在大海上闯荡，然后过程中他跟对方学会了许多知识，虽然谢清高没学会制图，但看懂海图的能力是有了。
谢清高带着从凤山县各地招募来的读过书的年轻人做学徒，从台湾到南洋，从南洋到印度，往返一年时间，算是培养出了几十个能看懂海图的人才，但要说他们的能力有多强，就真的差强人意了。
这些人回来后，继续在谢清高和哈拉尔的船上实习，直到老闸船打造好后，才一个接一个的被赶鸭子一样赶上了船当船长，手下则是招募的渔民和普通人，还打散了邱通三位海盗的手下充当船上的基层军官，这样才能勉强开动老闸船。
舰队打造完成之后，倒是让哈拉尔带着进行过多次演习，看着也有模有样，但真正的战斗力如何，恐怕还得经过检验才行，这也是为什么周琅会孤注一掷把所有军舰都派出去，如果这些人都成熟了，只需要十艘就足以拿下金门了。
舰队都去了金门，周琅依然留了三艘小帆船，双桅、吃水浅的荷兰帆船，这是荷兰人生产的样品，荷兰人试图让周琅接受打造荷兰式军舰，但周琅觉得荷兰人船吃水浅，度快，可是船体薄，火力弱，适合做武装商船而不适合做军舰，更倾向于英国军舰，所以只打造了三艘作为侦察船后，就停止了打造。
这三艘船现在轮流往返于澎湖和打鼓港之间，相比金门的情况，周琅更关心澎湖战况，只要清军跟朱濆依然在澎湖死战，那么偷袭金门的计划，就不会受到干扰。
周琅现李长庚作风顽强，但进攻却十分保守，并没有直接攻击朱濆的老巢，没有攻击澎湖本岛的妈公港，而是先从外围打起，一座岛屿一座岛屿进攻，一座炮台一座炮台进攻，几乎攻占了澎湖外围所有的要地。
周琅不由有些担忧起朱濆来了，显然他的对手是一个经验很丰富的强敌，澎湖本岛位于列岛中央，外围据点的丢失，意味着朱濆几乎陷入被包围的窘境了。
周琅即担心朱濆的安危，也担心金门之战的结果。如果朱濆顶不住李长庚的压力，自己的舰队进攻金门又受到挫折的话，这次偷袭计划基本上就破产了。朱濆此人如果战死，周琅也觉得很可惜，毕竟对方是目前中国沿海最大的反清力量之一，就此灭亡实在是可惜。
而且朱濆的作风跟普通海盗有所区别，他虽然也做海盗的买卖，但更多的是冲着海贸去的，他更像是郑芝龙，而不是张保仔，一旦给予纠正，他很容易就能转化为海商集团，是难得的海洋贸易力量，死了着实可惜。
一个月后，李长庚已经开始进攻澎湖本岛，朱濆岌岌可危。
这时候金门的消息终于传回来了，顺利攻占金门和厦门两座岛屿。
收到消息后第一时间，周琅马上传令留二十艘老闸船防卫金、夏，一直到舰上随行的技术人员完善两岛的炮台防御。十六艘主力舰立刻返航，赶赴澎湖，但并不是去解救澎湖，而是去解救朱濆。
周琅的作战目的是，利用自己船坚炮利的优势，压制李长庚控制的炮台，然后冲破李长庚舰队的封锁，进入澎湖港内，但并不是帮助朱濆坚守，而是接应朱濆撤退。在外有李长庚围困之危，内有周琅舰队接应的情况下，朱濆这个海盗不可能有什么死守汛地的念头的。
下完这些命令之后，周琅才有心思思考一下眼前的局面。
根据金夏之战的状况回报，两岛清军的防守极为松懈，炮台根本就没有起到作用，大半大炮年久失修，竟然有过六十年的老炮。这种海防，根本就挡不住正规舰队的攻击。
这个消息让周琅很欣喜，打下金门是基本要求，打下厦门则是最优选择，这样就可以用这两座岛屿控制漳、泉地区的出海通道，可以利用九龙江和晋江两条通往福建内6的河道，一旦打通贸易，将会得到巨大的商业利益。
同时打下金门和厦门，也让周琅赫然现，似乎此时的海洋格局，又回复到了明末郑芝龙时代的局面，清朝跟当时的大明朝一样，控制着大6，而台湾却在荷兰人