许多宗教与科学被认为是对立的。但很多伟大的科学家，比如牛顿是有着很强的宗教信仰的。欧洲中世纪的异端裁判所对教会认为是违背《圣经》言行的人都处以酷刑。许多科学家都受到了迫害。但是宗教在某些方面也促进了科学的发展，有很多伟大的科学家，比如牛顿是有着很强的宗教信仰的。同时也有宗教将科学融入教义的例子：雷尔运动认为造物主其实是另一个星球的科学家，利用基因工程创造人类，而造物主的造物主也是用此种方法造物。并且认为若能解决目前的人类问题，将来也能利用科技创造生命，成为下一个有智慧生命的造物主。
世界上有两种类型的客观存在，一是事实关系类客观存在，二是价值关系类客观存在。人分别通过两种方式来认识这两种客观存在：科学与宗教。科学是关于事实关系的学问，其本质是以严谨而精确的逻辑形式把各种社会规律和自然规律系统地联系起来，并使其理论化、现实化、形象化。宗教是关于价值关系的学问，其本质就是以虚幻的逻辑形式把各种社会规律和自然规律系统地联系起来，并使其理论化、现实化、形象化。
在生产力发展水平低下的社会里，人们对于事实关系的认识是零散的、模糊的、直观的、反逻辑的和主观的。此时的科学缺乏理论性、精确性、抽象性、逻辑性和客观性。人们对于价值关系的认识也是如此，宗教就是汇集人类对于价值关系认识的主要成果所产生的理论体系，在其表现形式上具有高度的零散性、模糊性、虚幻性和反逻辑性，但它反映的社会事物的价值关系及其运动变化规律却是相对深刻、相对抽象的，宗教所表现出的零散性、模糊性、虚幻性和反逻辑性与科学所表现出的系统性、精确性和现实性和逻辑性之间的矛盾与冲突是微小的，可以忽略不计的，此时，科学与宗教是相互促进、平行发展的。
在人类发展的早期，科学是从宗教理论中分化出来的：首先。从宗教学中分离出哲学，再从哲学中分离出物理和化学，然后再分离出众多的社会科学和自然科学；语言、文字、绘画、舞蹈、诗歌、音乐等，往往通过宗教的形式进行了广泛的传播。有力地促进了科学的发展；许多宗教人员同时也是文学艺术与科学技术的发明者和创造者。
到了现代社会，随着科学技术的进一步发展，人们对于事实关系和价值关系的认识越来越趋于系统化、精确化和客观化，宗教所表现出的零散性、模糊性、虚幻性和反逻辑性与科学的系统性、精确性和现实性和逻辑性形成越来越鲜明的对比。形成了越来越巨大的矛盾与冲突，此时的宗教信条已经不能作为人们确定其人生信仰的理论依据，无法适应人的精神需要。否则将会产生越来越巨大的社会危害。
总之，在人类的早期宗教孕育和哺育着科学的发展，是科学的母亲。到了现代社会，宗教在一定程度上成了科学的对立力量，又反过来阻碍着科学的发展。
李安在墨莲星创立宗教，未尝也没有依靠医术统治这个星球的梦想。
宗教通常发源于下层群众，是他们摆脱苦难、对抗统治、寻求精神寄托的一种“出路”，但到后来逐渐演变为统治阶级用以煽动宗教狂热、奴化下层群众、神化统治政权的工具。
宗教最初包容着大量的科学、文化、艺术等内容，并对其发展和传播起了巨大的推动作用，科学的发展史在很大程度上就是一门又一门科学不断从宗教理论中诞生和分化出来的历史。但是，随着科学的进一步发展，宗教对于科学的容纳能力越来越差，宗教的虚假外壳越来越暴露其致命的弱点，宗教逐渐蜕化成为科学技术发展的破坏性力量。
宗教在统一社会意志、增强社会凝聚力、协调社会关系、降低社会内耗、稳定社会秩序等方面往往起着其它政治力量所难以替代的作用。
一种观点认为，宗教情感是一种特殊的、神圣的、神秘的情感，既没有历史的、社会的源头，也没有现实的价值根源，它的产生完全来自于人的天赋，是一种神秘的、虚幻的情感。另一种观点认为，宗教情感来源于信徒某些特殊的称之为“宗教经验”的心理体验，通常产生于人的幻觉，是信徒经过长期的愿望期待、观念强化、道德修养、行持修炼（如道教的坐忘、止念，佛教的禅定、诵经，印度的瑜珈术等）、药物使用以及接受催眠术后，人的意识长时间、高强度地集中于一点或一个观念时出现精神疲劳和心理混乱的结果，这种观点虽然承认了宗教情感的历史源头，但没有发现其现实的价值根源。
宗教情感来源于客观存在，是对特殊价值事物的主观反映。从表面上看，宗教情感所指向的对象是神灵，而神灵是人间不存在的、纯粹虚构的东西，但这并不表明宗教情感所反映的客观内容也是纯粹虚构的东西。事实上，神灵在本质上就是各种自然力量和社会力量的化身，神灵的意志在本质上就是各种自然规律和社会法则的具体体现，神灵的行为方式在本质上就是各种自然现象和社会现象的表现方式，神灵对于人的行为所要求的禁忌在本质上就是各种自然力量和社会力量对于人的行为所形成的限制，神灵的审判、约束和惩罚在本质上就是自然界和人类社