南京军对新疆的用兵，经过西北三省，与西北马家军有过合作，西北三省里，甘肃省最为重要，因为甘肃省直接连接着陕西省和新疆省，重要的河西走廊就在甘肃省境内。打完新疆，蒋纬国毫不含糊地对西北马家军下刀。西北四马里，马步芳和马步青盘踞着青海省（马步芳是实权人物，马步青完全被马步芳架空），马鸿逵盘踞着宁夏省，马鸿宾盘踞着甘肃省，但甘肃省不完全是马鸿宾的地盘，国民政府在甘肃省占据主要统治权，马鸿宾只是分一杯羹，他的势力也有部分是在宁夏省，但遭到马鸿逵的排挤。四马里，亲眼见识到南京军的强大后，马鸿宾产生了“投顺”念头，因为他没有真正的独立地盘，实力也大不如马步芳和马鸿逵（在原先历史上的解放战争中，西北四马里只有马鸿宾投顺中共，其余三马都顽抗到底），所以经过蒋纬国的威逼和利诱后，马鸿宾选择弃暗投明，甘肃省因此而兵不血刃地被蒋纬国拿下。
甘肃省被蒋纬国拿下后，位于甘肃以北的宁夏和甘肃以南的青海就处于被分隔的状态，马步芳和马鸿逵无法互相进行援助，继而被蒋纬国逐个击破。蒋纬国先对实力不如马步芳的马鸿逵下手，南京军第123师大举开进宁夏省，与马鸿宾部展开了几番激战，重创马鸿宾部，被蒋纬国打得山穷水尽的马鸿宾不得不被迫归顺，宁夏省因此而也被蒋纬国拿下。
甘宁二省先后被蒋纬国拿下，马家军集团只剩下盘踞青海、实力最强的马步芳了。
对于马步芳，蒋纬国不是很着急，反正拿下青海不是迫在眉睫的事情，所以他把这个包袱甩给了蒋介石。蒋介石随后发动了“青藏战争”，目标是铲除盘踞青海省的马步芳以及在英国人操控下处于独立状态中的西藏。此战是蒋介石的中央军打的，不是蒋纬国的南京军打的，先后打了四个多月，马步芳、马步青势力遭到毁灭性打击，马家军集团最后一股力量彻底烟消云散，同时，中央军的一个师从西康省西部出发，翻山越岭、风餐露宿，进入藏区，打进了拉萨和藏南地区，宣告西藏被收复。
截止1940年夏，全国范围内只剩下桂系，没有第二家军阀了——如果蒋纬国不算军阀。整个中国呈现“南北二蒋、南北二京”“南方老蒋、北方小蒋”“老蒋在南京、小蒋在北京”以及“父子以黄河为界，南北分治”的奇特局面（蒋纬国此时的地盘基本上都位于黄河以北）。
蒋纬国“宁系”的地盘已经从华北彻底扩大到了整个中国北方，远东战争前，蒋纬国掌握着华北六省一市（山东、山西、河北、绥远、察哈尔、热河、北平），到1940年春时，蒋纬国掌控着中国北方13个省18个特别市/特别区，除了原先的华北六省一市，又增加了辽宁省（辽南）、黑龙江省（黑西）、蒙古省、新疆省、北海省、甘肃省、宁夏省、外东北17个特别市/特别区，土地面积从原先的约125万平方公里暴增至约580万平方公里，人口总数从原先的约9000万扩增至约1.25亿。
此时的蒋纬国，已是不折不扣的“北方王”。
儿子在北方开疆拓土，老头子在南方也不遑多让。整个黄河以南，除了桂系的广西省，蒋介石已经完全控制整个南方，手握16个省2个特别市：江苏、浙江、安徽、福建、江西、广东、河南、湖北、湖南、陕西、四川、贵州、云南、西康、青海、西藏，以及南京、重庆。整个中国，只剩下台湾、上海、天津、吉林省、黑龙江省东部、辽宁省北部、外东部大部分地区还被日本人占领着。
因为国土疆域再度发生了重大变化，因此武汉军委会重新整顿了国军的“军区”划定，共设立十个军区，分别是：
第一军区：四川省、贵州省、云南省、重庆市；
第二军区：绥远省、甘肃省、宁夏省、新疆省；
第三军区：江苏省、浙江省、安徽省、南京市；
第四军区：福建省、江西省；
第五军区：山东省、山西省、河北省、北平市；
第六军区：河南省、陕西省、湖北省、湖南省；
第七军区：西康省、青海省、西藏省；
第八军区：辽宁省、热河省、察哈尔省、黑龙江省；
第九军区：广东省、广西省；
第十军区：蒙古省、北海省、外东北17个特别市/特别区。
经过这番大整顿，中国的国防态势可以说是井然有序、气象一新。
南京军在此次远东战争中浴血奋战、劳苦功高，加上地盘、人口、势力都得到飞跃式膨胀，扩军自然是水到渠成。战前，南京军共有27个师，包括26个野战师和1个生化兵师，战后，蒋介石给南京军新增加了7个师的番号和编制（仍然都是三旅九团制），使得南京军扩增为34个师，包括33个野战师和1个生化兵师，以上部队全部建设完成的话，南京军的正规军总兵力约125万人。蒋纬国的“北方”拥有约1.25亿人口，完全养得起这么多军队。
二月八日是1940年（庚辰年）的春节，但蒋纬国根本就没有时间过年，因为他太忙了