在这些政治土匪的进攻之下，相当部分地区刚刚组建的地方政权被摧毁。大批的地方干部以及农会骨干，甚至是积极分子被杀害。一些县区政权，甚至被土匪给满门杀绝。一些女干部，被糟蹋后蹂躏致死。
解放军的一些小股部队屡屡被吃掉，一些干部失踪甚至被公开杀害。五零年初，李子元友邻部队的一位师政治部主任，在去成都开会的途中遇到土匪伏击。这位师政治部主任，连同一个警卫班全部被杀害。匆忙组织救援的一个营，也遭遇到土匪袭击损失惨重。
而看似安稳一些的公路沿线，运输物资的卡车也屡屡被袭击，押运人员牺牲、大批物资被洗劫。电话线被割断，派出查线的战士失踪。派出征粮的小股部队和工作人员，经常性的一去不回。
甚至在匪患最猖獗的地方，土匪甚至公开进攻县城。整个军区所辖的县城，大部分都被围攻过。至于向部队打黑枪、扔*，杀害哨兵以及袭击巡逻队的事情，都已经是见怪不怪了。搞的地方干部都不愿意离开部队，将下乡工作视为鬼门关。
别说各个县城，就是重庆和成都这样的大城市，都发生过集会时候有人打黑枪、扔*的事情。鉴于形势严峻，西南军区下达了剿匪的命令。而在这之间，保守土匪困扰的李子元，已经先展开了行动。
李子元所部的防区正位于四川省北部，下辖四个专区一共三十六个县以及一个市。地处四川、陕西、甘肃以及青海和西康五省连接之地。是联系四川与甘肃和陕西汉中的重要通道，也是成都和重庆北面的屏障。
这里出现问题，就等于四川与陕西之间的联系出现了问题。所以还没有等军区下达命令，在进驻川北之后，军长被调往川西接替那边身体一直不好的司令员，担任代司令员的李子元就已经抢先动手。
一边要忙着组建新政权，一边又忙着清剿土匪，忙的分身乏术。不过组建新政权的事情，主要由政委和政治部负责。而李子元将主要的精力，都放在了对土匪清剿，保护新生的地方政权上了。
其实对于剿匪这种作战，李子元倒是并不怎么感觉到麻烦。他采取的办法很别样，就是将当年日军扫荡八路军的战术调过来，根据眼下的实际情况加以修改之后，用来去对付他辖区内的土匪。
李子元采取了构筑封锁圈，每个村都要进驻部队。一些实在无力控制，或者说暂时无法深入的深山区小村庄，则采取了归屯并户的办法。将深山区的村民全部强行迁出，统一集中到一个大村庄。
并对土匪活动猖獗地区，实施严格的物资封锁政策。粮食和食盐一律集中保管，全部采取配给制。对民间的武器，实施大规模的收缴。同时采取了划片分区，集中兵力铁壁合围之后全线拉网清剿的战术，对土匪活动区域每一个山头、每一个山头的过网。
日常则在各个要点都至少驻守一个连的部队，以公路沿线和村庄要点为依托，采取交叉配合、多方面协调的战术。即便不在要点和公路沿线，但每一个村庄都要尽可能的进驻部队，以公路和村庄为线构成严密的封锁圈。
在实施战术阶段，李子元反复强调各部队，一定要注意向导的培养和招募以及甄别，绝对不能被敌特混入向导之中。李子元很清楚的认识到，在部队还不熟悉这里的地形情况之下。一旦向导出了问题，那才是最致命的。
甚至李子元提出，如果有可能的话，要尽可能的在当年红军流散人员中寻找向导。因为整个川北，都是当年川陕苏区一部分，或是红军长征路过的地区，流散人员并不在少数。而且哪怕就算是向导有抽大烟的习惯，但只要他可靠部队可以提供大烟给他。
一律不许在匪患猖獗的地区，就地招募向导。这是李子元整个剿匪作战之中，李子元规定的铁律。实在无法避免的，对招募到的向导家属实施保护性拘留。以家属为人质，保证向导不出幺蛾子。