魏公公没杀都司程庆，哪怕他知道对方并未真心服从于他这钦命海事提督太监。
因为，杀人立威可用一次，不可用二次。
吴淞口的兵权已经落在魏公公手里，他便不能再杀人。如果此时再杀程庆，最直接的后果就是那些徽州兵人人自危，好不容易得来的“和平”就会再次腥风血雨。
毕竟，魏公公现在是要收人，扩大势力，整顿海军出海发财，而不是胡乱杀人。
再者，杀了管营姜某得罪的仅是应天抚臣一人，再杀程庆等几百徽州兵将却可能得罪整个南直官场。
于应天抚臣处，魏公公浑然不惧，于整个南直官场，甚至于整个南方官场为敌，魏公公的脑袋也不见得有多硬。
况且，无罪擅诛一人，万历那里能接受。无罪诛杀数百人，万历只怕能气的和娘娘一样犯了毒疮。还有绑票东林书院这烂事在，皇爷一旦毒火攻心，魏公公下场堪忧。
说到底，他老人家就算把吴淞水营整顿成了皇家海军，靠的还是万历的虎皮，靠的还是体制内他这个太监身份，没了这个依仗，他什么都不是。
所以，不可滥杀，一来避免无谓伤亡，二来则避免皇爷跳墙。
但程庆毕竟是都司，吴淞水营的二把交椅，任由他在营中自由活动，难保其人不会私下串连，在某个关键节点给魏公公来那么一家伙。
因而，魏公公从码头回来后就立即重组海军机构了。
重组的目的是理清上下关系，确立新的指挥体系，同时也是杜绝一切可能危及海军事业的潜在危险。
这个潜在的危险自包含程庆等人旧有的指挥权力。
吴淞水营现在是封营状态，魏公公下的严令，七日之内，许进不许出。这是确保吴淞水营发生的一切短期内不为苏州方面知晓，等知道也是生米煮成熟饭，皇家海军光荣成立了。
郑铎亲率马队巡视诸营，各营军官也是整肃再三。
得了魏公公赏钱的水营上下，倒也没人埋怨，成为皇家海军、天子亲军的无上荣耀成了水师官兵的动力。
一时间，真是有新气象，新局面。
管营姜某的死，目前为止只有小部分人知道。魏公公密令将管营姜某安葬在上海县境内，重金购的上好棺材，只是眼下不好为这位游击将军立碑。
整顿组建海军，最基本的一个步骤肯定是重新划分指挥权，具体即是剥离旧有指挥体系。
理论上，大明朝实际是没有水师这一军制的，沿海各水师（营）沿用的都是卫所制，如广东水师就是归广东总兵所辖，下设参将、游击、守备、把总。浙江水师则是由浙直总兵提调，下设参将、游击，另外还有一个总捕都司负责打击走私，不过这个总捕都司名存实亡。
福建方面的水师是由副总兵提调，下设参将。福建也设备倭都司，不过这个都司没有战船，有战事须报福建副总兵，再由副建副总兵部署。包括澎湖巡检司也是如此。
简而言之，当下不管是南方的水师，还是北方的水师，名义上都无法独立作战，均由当地总兵、参将提调。
唯一有独立性质，和海事有关联的则是广东和福建的市舶司。
沿海各地的市舶司原先不止广东和福建这两处，而是有多处。永乐年间甚至还在安南和马来等地设有市舶司，都是由内臣提调。不过此后两百年，市舶司不断被废，广东和福建这两处市舶司也是经历几废几立。
市舶司本质上其实就是海关，职责就是管理海上对外贸易。有意思的是，广东和福建的市舶司是十三年前由地方巡抚奏请复立的，而市舶司上交内库的税收却是很少。
这个现象就很有意思了，和吴淞水营的官兵宁可过穷日子，也不敢参与走私一样，让人十分的意外。
甭管哪朝哪代，海上贸易都是官府为主，南宋更是将这海贸做到了国库大半收入的程度。可以说，没有南宋繁荣的海贸，就根本没有南宋的存在。
到了当下大明朝，这海上贸易也很繁荣，每年流入大明的白银如流水一般，偏就朝廷没从中得到多少钱，连水师也没法从中分杯羹，这就令得魏公公不能不沉思，皇家海军成立之后，他的首要敌人到底是还没成气侯的红毛鬼呢，还是已经闭关锁国的日本，亦是那些海上的强盗，还是如同他一样的体制中人呢。
选择对的敌人，才能成功。
经过多方面了解的魏公公对于敌人到底是谁，心中是有了些数，现在，他就要磨刀了。
经过反复权衡，魏公公决意彻底改革海军旧有指挥体系，首先就是将吴淞水营所有战船和人员组建为皇家海军机动支队和留守支队。
机动支队即由能出海的战船组成，留守支队由不能出海的战船组成。
有鉴于暂时无法寻找新的驻军基地和港口，海军的一切供应都要从吴淞口获得，所以，至少在一年以内，吴淞口这里，魏公公是不能放弃的。要不然，他的船队很可能无法从其它地方获得补给。
机动支队由魏公公亲自提调，暂委千总王大力为支队长，加总兵衔。千总陆凤为副支队长，加参将衔。
机动支队由52艘战船组成，官兵3200余人，由原广东水师官兵1600余，扬州兵300余，松江兵300余，徽州兵200余，魏公公直属亲兵营并步军左营千余人组成。
支队计有三桅炮船3艘，福船6艘，楼船11艘，苍船9艘、海舫14艘，其余船只9艘组成。